南京所成立于1978年，是生态环境部直属公益性科研机构，也是我国最早开展环境保护科研的院所之一。自成立以来，一直以生态保护与土壤污染防治为主要研究方向，致力于前瞻性、战略性、基础性及应用性环境课题的研究。科研范围涵盖生态保护与修复、自然保护地、生物多样性保护与生物安全、生态文明建设、化学品生态效应与污染防治、固体废物污染防治、流域生态保护与污染防治技术、土壤污染防治、农村环境与有机食品发展、环境管理与工程技术等10个研究领域、32个研究方向。
依托相关研究成果，我所还在生态环境保护规划、有机产品认证咨询、农用化学品环境安全评估、污染场地修复及环境工程等方面开展了广泛的技术咨询工作。
建所以来，共完成大、中型项目千余项，在国内外重要学术期刊上发表论文3200余篇，出版专著140余部，获得国家发明和实用新型专利1000余项，获国家和省部级科技进步奖85项。“十三五”期间，全所共主持制订并由国家相关部委颁布实施的国家环境保护标准、技术规范、技术政策等200余项。
南京所主办的《生态与农村环境学报》(月刊)系生态环境部主管的中文核心期刊，学术影响一直在我国环境保护领域期刊中名列前茅，南京所与联合国环境署、世界自然保护联盟等10多个国际组织，以及美国、德国、荷兰、挪威等30多个国家开展了广泛的科研项目合作和人员交流。
南京所和南京大学联合创办英文期刊Eco-Environment & Health，期刊以“大健康”理念为核心，关注生态、环境与健康的交互作用；重点聚焦生态与生物多样性保护，新污染物的环境归趋与生物过程，人体暴露与健康效应，环境风险的评价、管理与调控四个方向。
建所以来，南京所始终秉承“团结、奉献、求实、创新”的所训，积极参与国家和地方重大科研项目，已成为我国环境科技界的一支重要力量，为国家环境管理决策和深入打好污染防治攻坚战提供了有力的科技支撑，为各地的生态建设和污染防治提供了全方位的技术支持和服务。
