1991年，时任齐齐哈尔第一机床厂教育处副处长曹勇安创办了民办黑龙江东亚大学。1993年黑龙江东亚大学合并工厂职工大学后，于1993年12月25日与工厂签订了分离合同，走上了一条“自主办学，自担费用、自我完善、自我发展”的民办教育发展之路，开启了全国“公转民”办学体制改革的先河。2001年3月，学校成为黑龙江首批高职院校之一， 校名为齐齐哈尔职业学院。2011年，学校经教育部批准升格为普通本科高校，更名为齐齐哈尔工程学院，成为齐齐哈尔市第一所市属本科大学。2020年，学校顺利通过国家本科教学工作合格评估。
目前，学校已发展成为以工学学科为主，管理学、医学、艺术学等学科适度发展的全日制应用型本科院校。学校系全国唯一具有行政级别、事业单位编制的民办高校。
学校总占地面积86.7万平方米，建筑面积23万余平方米；校内建有本科实验场所114个；教学科研仪器设备总值6023.02万元；馆藏纸质图书87.73万册，电子图书37.4万册；室内、外运动场地总面积5万余平方米；校园环境优美，文化氛围浓厚。
学校以地方经济社会发展需求为导向，不断优化专业布局，设有机电工程系、建筑工程系、信息工程系、管理工程系、健康与护理系、马克思主义学院、基础部、学生发展中心、继续教育部共9个二级教学单位；开设23个本科专业；现有全日制在校生8500余人。
学校坚持应用型本科教育研究，强化课程建设，坚持成果导向，探索人才培养新模式，提升专业与区域经济社会发展的适配度，全面提高人才培养质量，机械设计制造及其自动化和车辆工程2个专业被确立为省级一流本科专业建设点，《思想道德与法治》《管理沟通》《土木工程材料》《成本与管理会计I》等4门课程被评为黑龙江省一流课程，获批3个省级教学成果奖，建设建筑产业学院等6个校级产业学院，其中机床产业学院获批省级首批现代产业学院。
校企合作、双元育人。学校依托产业学院，以服务岗位需求和提高职业能力为导向，探索建立“护理类”“装备制造类”和“建筑类”校外课堂，拓展育人时空，创新应用型人才培养模式。
学校坚持需求导向的课程观，开发了“四真三化”（FT）课程建设范式，为时下高校急难愁盼课程建设问题提供解决方案。该课改研究成果获得2020年黑龙江省高等教育教学成果一等奖。 2021年至今，“四真三化”（FT）课程开发工作坊已举办40期，吸引全国200多所院校4000余名教师参与。与深圳公司研发课程开发智慧系统（课程通），研制了企业标准《课程开发指南》，《“四真三化”（FT）课程建设模式与实践》课程被列入兰州大学、厦门大学高等教育学研究生培养课程。
学校重视国际交流与合作，与美国、俄罗斯、韩国、日本等国家共十余所国外院校建立了友好合作关系，积极开展教学、科研等方面的交流合作，选派骨干教师赴美国访学，聘请国外教授为学校学生授课。学校多次应邀出席国际会议交流课改经验，已组织5批“应用型课程海外交流考察团”，赴美国、德国、英国、法国等国家有关高校考察交流。
学校坚持立德树人，秉持“中而至庸，和而不同”校训精神，努力培养志存高远、人格健全，基础扎实、特长明显，勇于创新、善于实践的应用性、职业型的创业者，积极探索应用型本科院校服务地方经济社会发展的有效途径，已为社会培养输送了5万余名毕业生，涌现出了以“大国工匠”——“华龙一号”主机手王刚为代表的一批优秀毕业生，毕业生毕业去向落实率名列全省高校前茅。
