交通运输部长江航务管理局，成立于1950年10月，初期对长江航运实行“政企合一”的集中统一管理，后历经“机构重组”“政企分开”“港口下放”等体制改革，现作为交通运输部派出机构（正局级），对长江航运行使政府行业管理职能，承担四川宜宾至上海2808公里长江干线航运发展规划、运输市场监管、水上安全监督、航道整治维护、三峡枢纽通航、通信信息保障、外轮强制引航等职责，对江苏南通238公里沿海岸线和1万平方公里海域实施安全监管。
长航局管理的系统单位有长江海事局及江苏海事局、长江航道局及长江口航道管理局、长江三峡通航管理局、长江通信管理局、长江引航中心、长江航运总医院、长江航道工程局有限责任公司和中国水运报社有限公司，现有职工3.2万人，固定资产718亿元。
长航局主要职责：
1、贯彻国家水路交通行业发展战略、方针政策和法规，组织或参与长江干线航运有关规章草案的拟定工作，按法定程序批准后负责监督实施；拟定长江干线航运发展战略，组织编制长江干线航运中长期规划和五年规划，报交通运输部批准后监督实施。
2、负责长江干线航运行政管理。负责长江干线航运市场宏观调控和秩序监督管理；规范长江干线水运建设市场，维护平等竞争秩序；负责长江干线港航设施建设和使用岸线布局的行业管理；组织长江干线国家重点物资和紧急物资运输；协助军事物资运输；负责长江干线水运规费稽征。
3、负责长江干线客货运输质量、航运基础设施工程项目和水运工程质量的监督管理。
4、负责长江干线航道、枢纽通航、通信、引航等管理工作。
5、按规定管理长江干线水上安全监督工作；按规定负责组织协调长江干线水上安全保卫工作。
6、协调长江水系各省（市）交通运输厅（局、委）及其航务管理机构、港口管理机构的相关业务工作；协调长江水系水资源综合开发中的有关航运工作。
7、指导长江干线水运行业体制改革、法制建设和结构调整；组织航运重大科技开发、推动行业技术进步；负责长江干线水运行业相关的统计和信息引导；负责政府间长江干线航运涉外工作，指导利用外资工作；开展国际间内河运输经济技术合作与交流；指导长江干线航运信息化和职工教育工作。
8、负责局机关和系统单位的年度固定资产投资计划、财务管理和审计监督工作。
9、负责局机关和系统单位人事、劳动工资、机构编制管理工作；按规定管理系统单位领导干部；负责系统单位党的建设、廉政建设和思想政治工作，指导长江干线水运行业精神文明建设和职工队伍建设工作。
10、承办交通运输部交办的其他事项。
