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研究所前身为“安徽省淮北棉花试验站”，1957年成立于淮北市濉溪县孙町集。主要从事棉花以及特色经济作物的遗传育种、生物技术、栽培土肥、生理生态、病虫草害、植物纤维等方面研究与技术服务工作。
建有国家棉花改良中心安庆分中心（一期、二期）、国家棉花原原种扩繁基地、国家农作物品种审定（含抗性）区域试验站（安庆点）、安徽省杂交棉工程技术研究中心、安徽省棉花种质资源库等科研平台7个。建立了遗传改良与生物技术、栽培生理生态、纤维改性、检验测试中心等标准实验室5个，拥有仪器设备500余台套，原值1000余万元。棉纤维、梳棉胎、棉花种子、肥料以及土壤等5大类338项参数具有检验检测资质。在安庆市迎江区建有试验基地150亩，网室、病圃2000余平方米，办公室、实验室、加工车间、仓库、低温库等建筑物1万多平方米。
近年来，荣获国家科技进步奖二等奖1项，省部级一等奖3项、二等奖7项、三等奖13项，市级一等奖2项、二等奖2项、三等奖1项；先后育成棉花新品种22个，薏苡、藜麦、食用菌等经济作物新品种33个；研制的“机采棉绿色高效生产技术”等6项棉花新技术入选农业农村部或安徽省农业主推技术；主持制定农业行业标准3项、安徽省地方标准30余项；发表论文200余篇，主编科技著作8部，参加编写论著20余部。
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