创建于1951年，前身是1932年成立的司法行政部法医研究所。新中国成立后，曾分别隶属于华东军政委员会司法部、最高人民法院华东分院、司法部、公安部，1960年因故撤销。1983年经国家科委批准正式复建司法部司法鉴定科学技术研究所。
2017年10月14日，经中央机构编制委员会办公室批准更名为司法鉴定科学研究院，是司法部直属的司局级科研事业单位。 司法鉴定科学研究院执行中央编办、司法部赋予的承担“司法鉴定领域的基础研究、应用研究和高新技术研究；全国重大疑难案件的司法鉴定和技术指导；司法鉴定高端人才的培养培训；国内外学术交流等工作”职能。
研究院设有法医病理学、法医临床学、法医精神病学、法医物证学、法医毒物化学、微量物证学、文件鉴定学、声像鉴定学、痕迹鉴定学、电子数据鉴定、道路交通事故技术鉴定、环境损害司法鉴定、司法鉴定制度与法规等专业。办有中文核心期刊《中国司法鉴定》和《法医学杂志》，英文期刊Forensic Sciences Research。
作为司法鉴定的“国家队”，主要承担全国各地公、检、法等机构送检的重大、疑难、复杂、敏感、涉外案件的司法鉴定。同时接受企事业单位、社会团体和个人的委托，对交通事故、民事纠纷、仲裁等活动中所涉及的专门性问题进行技术检验和技术鉴定。现年承担刑事、民事和行政等各类案件的司法鉴定近3万例，在维护国家安全、公民合法权益以及纠正冤假错案、化解纠纷冲突、维护社会稳定和保障司法公正等方面发挥了重要作用。
研究院按照《检验检测机构资质认定能力评价 检验检测机构通用要求RB/T214-2017》《检验检测机构资质认定能力评价 司法鉴定机构要求RB/T219-2017》以及《司法鉴定/法庭科学机构认可指南CNAS-CL08:2013》建立了司法鉴定管理体系。按照CNAS-CL03:2010《能力验证提供者认可准则》（ISO/IEC17043:2010）建立了能力验证管理体系。在“以科学捍卫公正”核心价值理念引领下，分别确立了“严谨求是、科学规范、独立客观、准确公正”和“严谨求是、科学规范、客观公正、专业高效”的质量方针，确保以公正的行为、规范的程序、科学的方法、正确的结论，为司法实践和行业发展服务。
研究院是我国首家通过实验室认可、检查机构认可、能力验证提供者认可以及国家级实验室/检查机构资质认定“五合一”评审的司法鉴定机构，在我国司法鉴定事业中发挥了重要的示范、引领和推动作用。
