研究所的前身为中国农业科学院家畜血吸虫病研究室,成立于1964年10月。1982年2月更名为中国农科院上海家畜血吸虫病研究所。1989年7月更名为中国农科院上海家畜寄生虫病研究所。2006年3月更名为中国农业科学院上海兽医研究所,加挂中国动物卫生与流行病学中心上海分中心牌子。
研究所主要开展动物传染病、动物寄生虫病和动物药物研究;主要研究领域是动物传染病、动物寄生虫病和兽用药物;主要方向任务是以危害严重的猪、禽传染病、动物寄生虫病、人畜共患病和兽用药物等为研究对象,开展病原生物学、分子流行病学、病原感染致病与免疫机制、诊断及防控技术等基础与应用基础研究;研制开发安全高效的新型动物疫苗、治疗药物和新制剂、快速简便的疫病诊断技术及制剂。
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