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研究院前身是建于1962年的台州农科所，2003年撤所建院，是市政府下属的正处级综合性农业科研事业单位。内设有作物研究所、生态环境研究所、园艺研究所、生物技术研究所、蔬菜研究所（西兰花育繁中心）等五个研究所和办公室、科研管理与科技开发处、科技保障与后勤服务处等三个职能处（室）。
撤所建院以来，共取得各类科研成果230多项，获各类科技成果奖励74项（次），科研成果累计推广面积4000余万亩，产生社会经济效益70多万余元。先后获“浙江省模范集体”、“浙江省文明单位”、“台州市国家创新型城市建设先进集体”、“先进基层党组织”、“党建工作先进单位”、“浙江省科技特派员工作先进集体”等荣誉称号。
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