研究所成立于1987年5月。前身为1973年创建的安徽省农业科学院作物研究所的水稻研究室、生物技术研究室及品种资源研究室的一部分。现设4个研究室：种质资源研究室、遗传育种研究室、生物技术研究室、栽培技术研究室，以及办公室、试验农场和院幼儿园等机构，合资组建安徽华安种业有限责任公司。作为技术依托单位，建有农业农村部国家水稻改良中心合肥分中心、农业农村部农作物生态环境安全监督检验测试中心（合肥）、农业农村部安徽省长江中下游稻作技术创新中心、农业农村部长丰生物育种科研试验基地、科技部水稻分子育种国际联合研究中心、科技部国际科技合作基地以及水稻遗传育种安徽省重点实验室、安徽省杂交水稻工程技术研究中心、安徽省水稻分子育种国际联合研究中心、安徽省两系杂交水稻产业技术创新战略联盟、安徽省水稻产业技术体系等研发平台。主要从事水稻遗传改良、生物技术、栽培生理、新品种新技术开发等应用基础和应用研究，承担农业科技成果转化与检验检测等技术服务。
拥有办公和实验室用房约10000 m2。建有合肥牛角大圩示范基地500余亩和配套建筑面积1150 m2；长丰生物育种科研试验基地150余亩和配套建筑面积400 m2；海南省南繁试验基地150余亩和配套建筑面积1900 m2；建成大型网室7200 m2，温室200 m2，抗病、抗虫等鉴定圃600 m2，人工气候室280 m2；建成配套完善的安徽省稻米及制品检测中心、水稻育性和耐高温鉴定设施；拥有各类科研仪器2500多台（套）。
先后承担国家“973”计划、“863”计划，科技部重点研发计划、科技支撑计划，国家自然科学基金，转基因产业化专项及安徽省科技重大专项等研发项目2100多项。获省部级以上科技成果奖励78项，其中国家科技进步特等奖1项，一等奖1项，二等奖2项；主持获得省部级一等奖20项、二等奖16项。获得国家发明专利授权176件，美国发明专利1件，PCT专利3件，实用新型专利15件，计算机软件著作权19项。研制标准72项，其中国家标准11项，行业标准3项。发表科技论文1270多篇，其中SCI论文198篇；出版专著32部。育成水稻品种348个，其中国审品种63个，获植物新品种保护权170项。新品种在省内外得到广泛推广应用，年推广面积600多万亩，取得了巨大的社会经济效益。
