中国水产科学研究院长江水产研究所是我国最早建设的水产科学重点研究机构之一，隶属于农业农村部。前身为“中华人民共和国水产部长江水产研究所”，1958年在江苏省南京市成立，1965年迁至湖北省沙市市（现荆州市），2011年迁至湖北省武汉市。由于隶属关系和机构组成的变化，先后更名为“湖北省长江水产研究所”“国家水产总局长江水产研究所”“国家水产总局长江水产研究所沙市分所”“中国水产科学研究院长江水产研究所沙市分所”，1984年定为现名。
长江所始终立足长江中上游流域，坚持产业导向，围绕我国淡水渔业发展中基础性、方向性、全局性、关键性的重大科技问题，重点开展渔业资源保护与利用、水生生物多样性保护、水产养殖育种、水产病害防治、水产营养与饲料、水产品质量安全与品质评价等领域的科学研究和技术研发，为政府决策及现代渔业高质量发展提供了技术支撑。建所以来，长江所承担各类科研项目2900余项，获得各类科研成果221项，其中国家级奖励10项、省部级奖励107项、地市级奖励11项、中国水产科学研究院奖励83项、其他奖励10项。培育了“颖鲤”“长丰鲢”“长丰鲫”中华鳖“长淮1号”等8个国家审定水产新品种。发表学术论文3500余篇，出版著作110本，起草并经相关部门发布标准205项，授权专利481项。
60多年来，长江所规模从小到大，不断发展，构建了武汉研究中心、荆州基地、重庆基地、梁子湖基地等一所多翼的发展新格局。依托长江所建设有农业农村部淡水生物多样性保护重点实验室、农业农村部淡水鱼类种质检验测试中心、国家农业科学渔业资源环境武汉观测实验站、国家农业科学渔业资源环境重庆观测实验站、农业农村部长江中上游渔业资源环境科学观测实验站、农业农村部水产品质量安全风险评估实验室（武汉）、湖北省水产品质量安全工程技术研究中心、中国水产科学研究院长江流域水生动物繁育与利用重点实验室、中国水产科学研究院湖库生态渔业工程技术研究中心等15个省（部）级、院级重点实验室、工程中心、野外站台。拥有国内外先进的大型仪器设备60余台（套），总资产6400余万元。
与美国、日本、捷克、新加坡等30多个国家的科研和教学机构建立了合作关系。与捷克高校联合共建“中捷鱼类保护与生物技术联合实验室”，并在濒危鱼类保护技术研发方面取得了突破性进展。先后执行5期古巴淡水养鱼技术援助项目等，为古巴、孟加拉等10多个国家提供了技术援助。
