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上海药物所前身是国立北平研究院药物研究所，创建于1932年，次年迁至上海，2003年搬迁至浦东张江高科技园区，是我国历史最悠久的综合性创新药物研究机构。
自建所以来，共研制开发新药100余种并投入生产，创制了一批在国内外具有一定影响的创新药物，如抗恶性疟疾首选药物蒿甲醚、重金属解毒药二巯丁二酸、抗肿瘤新药丁氧哌烷、抗阿尔茨海默症新药石杉碱甲、现代中药丹参多酚酸盐、抗菌新药盐酸安妥沙星和阿尔茨海默病（AD）治疗新药九期一等。2023年，民得维（VV116）、先诺欣两款抗新冠病毒创新药附条件获批上市，抗肿瘤药物谷美替尼附条件获批上市。此外，一批抗恶性肿瘤、心脑血管疾病、自身免疫性疾病和抗感染性疾病的新药已进入临床研究。
上海药物所瞄准国际生命科学发展的前沿领域以及药物研究的重要科学问题，开展创新药物基础和应用基础研究，发展药物研究新理论、新方法和新技术。重点围绕治疗恶性肿瘤、心脑血管系统疾病、神经精神系统疾病、代谢性疾病、自身免疫性疾病及感染性疾病等开展新药研发，并加强现代中药的研发。现设有六个国家级研究中心：原创新药研究重点实验室、生命过程小分子重点实验室、中药标准化技术国家工程研究中心、国家新药筛选中心、国家化合物样品库、国家中药质量第三方检测（南方）中心，并建成了功能齐全、技术先进、综合集成、无缝衔接、运行高效、国际规范的综合性创新药物研发体系。
经过几代药物所人的努力，上海药物所已发展成为学科齐全、成就卓著、人才荟萃、在国内外享有较高声誉的综合性药物研究机构，成为我国最重要的创新药物研究基地之一，在实现我国药物研究和医药产业由仿制为主到创制为主的历史性转变中发挥着重要作用。
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