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研究院成立于2015年9月，其前身为1979年建立的上海市园林科学研究所。作为上海市绿化市容行业综合性研究机构，主要承担绿化、林业、湿地、环卫等领域的应用技术研究和规划编制等。
市园科院内设综合办公室、党群工作部、财务管理部、科技管理部、科研保障部等5个管理部门；拥有生态研究所、植物研究所、植保研究所、土壤研究所、规划研究所、上海市林业碳汇计量监测中心等6个科技研发部门；专门成立了成果转化部、上海市园林绿化质量检测中心等两个科技成果转化部门；拥有邬桥基地、青松基地、老港基地等多处野外试验基地，总面积达400余亩。城市困难立地生态园林国家林草局重点实验室、上海城市困难立地绿化工程技术研究中心、国家林木种质资源平台上海子平台、上海绿地土壤质量专业技术服务平台、全国模范院士专家工作站等省部级科技研发和推广平台先后在市园科院挂牌成立。
市园科院拥有城乡规划、土地规划、林业调查规划设计、园林绿化质量检测等资质；主办《园林》学刊。 近年来，市园科院先后主持国家重点研发、国家科技支撑、国家自然基金等科研课题400余项，主持项目获得全国科技大会奖、上海市科技进步一等奖、中国风景园林学会科技一等奖、国际风景园林联合会（IFLA）杰出奖等各级各类科技奖200余项，出版专著100余部，编制国家、地方、行业标准30余项，发表科技论文3000余篇。
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