中心是国家文物局直属正局级事业单位，前身是国家文物局水下文化遗产保护中心。2020年9月28日，中央机构编制委员会办公室批复同意更名为国家文物局考古研究中心。11月30日，中心正式揭牌成立。
中心主要承担分析监测技术、空间及微观测量技术、新材料技术和数字化技术等技术考古科研，考古标准技术规范研究，组织水下考古、边疆考古、科技考古、中外合作考古等工作，属公益一类事业单位。
中心坚持科研机构的发展方向，着力将中心建成考古研究的国家队、水下考古的主力军、重大项目的专业平台和行业发展的高端智库，创建有中国特色的世界一流考古研究机构，为建设中国特色中国风格中国气派的考古学作出新的更大贡献。 主要职责：
（一）承担全国考古规划、政策法规、重大项目理论与技术研究。
（二）统筹水下文化遗产保护，组织实施全国水下考古调查、发掘、研究、保护、展示项目，开展水下考古技术研究、应用、咨询与服务工作，承担考古工作船及水下考古专用设备的管理、维护工作。
（三）承担分析监测技术、空间及微观测量技术、新材料技术和数字化技术等技术考古科研，开展科技考古的研究与学科建设，负责管理考古实验室。
（四）承担跨省域的国家重大基本建设项目的考古工作前期评估、规划设计和组织实施，开展地下文物分布密集区、边疆考古、历史文化名城的地下文物资源专项调查项目。
（五）协调、组织开展重大中外合作考古项目。
（六）负责管理考古样本库和数据库，推动考古研究成果转化和社会共享。
（七）开展考古发掘文物的保护修复及相关技术研发、推广、咨询与服务。
（八）组织、实施田野考古、水下考古、科技考古、文物保护等方面专业培训工作。
（九）承担北海基地、南海基地、阳江基地及各工作站的运行管理工作。
（十）承担国家文物局交办的其他事项。
