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研究所始建于1954年，初为安徽省农业试验场土壤肥料组，后为安徽省农业试验总站土壤肥料研究组；1958年更名为安徽省农业科学研究所土壤肥料研究室；1960年更名为安徽省农业科学院作物研究所土壤肥料研究室；1969年撤销，干部下放劳动；1973年恢复安徽省农林科学院时，为安徽省农林科学院农业研究所土壤肥料研究室；1978年扩建为现名。
现设土壤资源利用、植物营养与肥料、绿肥作物、农业副产物利用、农业生态与环境5个专业研究室以及办公室、蒙城马店试验站、综合服务中心、实验室、医务室等机构。开展中低产土壤改良、健康土壤培育研究、植物营养调控与精准水肥管理、新型肥料研制与开发、农田生态环境保护与修复、农业废弃物处理与资源化利用、农业生态和资源环境建设与优化等研究；向农业主管部门提供相关咨询与服务，开展土壤、植物、环境与肥料样品分析测试服务，为全省农业生产提供农业资源与环境方面技术支持。
现有办公和实验用房约2000M2，作为依托单位建设的省重点实验室拥有ICP-MS、原子吸收、气相色谱、总C/N、高光谱、间断分析仪等实验设备200余套。此外蒙城马店试验站拥有全国历史最久40余年的砂姜黑土长期定位研究基地，试验站建设用地20亩，野外观测试验地约100亩。在六安、芜湖、马鞍山、池州、淮北等地建设长期定位试验基地10余个，为服务全省农业科研、科技创新打下坚实基础。
土肥所将继续围绕“创新、协调、绿色、开放、共享”五大发展理念，以确保粮食安全为前提，以深化体制改革和加快科技创新为动力，以农业农村高质量发展为主线，以促进农村产业转型升级、提升农村公共服务质量、推动农民持续增收致富、全面提升综合治理能力为重点，指导和推进本所科技创新，服务三农，加快现代强所建设，助力乡村振兴。
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