研究所成立于1986年6月。承担宁夏全区地下和地上文物的调查保护、考古发掘和科学研究工作。全所下设6个科室，分别为办公室、技术资料室、考古研究室、西夏研究室、固原工作站、承天寺塔管理中心。核定编制46人。
以科研为重点，不断提高科研水平是宁夏文物考古研究所确立的工作中心。近年来，宁夏文物考古研究所承担了包括三峡工程、南水北调工程、西气东输工程以及数条高速公路工程等国家大型基本建设的考古调查、勘探和发掘任务。同时，还承担了许多国家级的文物保护和考古调查、勘探、发掘工作，如为了配合西夏王陵三号陵、六号陵的总体保护，对两座帝陵陵园的地面遗迹进行了考古发掘；对固原开城元代安西王府遗址进行了为期数年的考古调查、勘探工作；贺兰山山嘴沟西夏石窟的调查、清理出土大量的西夏文书；对永宁县闽宁村西夏墓地进行了考古发掘；根据国家文物局和自治区文物局的统一部署，该所对宁夏境内的长城遗迹进行考古调查和数据采集工作；对须弥山石窟寺进行了考古调查及数字化信息采集；对宁夏渝河流域新时期遗址开展了考古调查及发掘工作。
在考古调查、发掘的基础上，宁夏文物考古研究所近年来出版了一批具有较高学术价值的考古专题报告，主要有：《水洞沟——1980年发掘报告》、《宁夏菜园——新时期遗址发掘报告》、《拜寺沟西夏方塔》、《闽宁村西夏墓地》、《固原开城墓地》、《吴忠西郊唐墓》、《西夏方塔出土文献》、《西夏三号陵》、《山嘴沟西夏石窟》、《固原南郊北朝隋唐墓地》、《吴忠西郊魏晋隋唐墓地》、《吴忠北郊北魏唐墓》、《盐池冯记圈明墓》、《固原九龙山汉唐墓葬》、《水洞沟——2003～2007年度考古发掘与研究报告》等，以及《水洞沟遗址发现八十周年国际学术讨论会论文集》、《宁夏古人类学研究报告集》、《丝绸之路上的考古宗教与历史》、《中国文物地图集——宁夏分册》等专著。同时，在国内、外刊物上发表各类论文百余篇。
