中心系农业农村部（原农业部）所属综合性淡水渔业研究机构。前身为“太湖水产增殖科学实验基地”、“亚太地区综合养鱼研究和培训中心”，1978年建立于无锡。因单位撤并及隶属关系，先后有“国家水产总局长江水产研究所”、“中国水产科学研究院长江水产研究所”等多个称谓，1984年改为现称。“八五”以来一直位列“全国农业科研综合实力百强研究所”。2002年11月，被国家科技部、财政部和中编办确定为非营利性科研机构，进入国家科技创新体系。
中心设有生物技术研究室、渔业环境保护研究室、水生生物资源研究室、水产养殖研究室、水产病害与饲料研究室、渔业经济和信息研究室、水产遗传育种研究室、淮河流域渔业生态保护研究中心等8个研究室；此外，还设有南泉、阳山、大浦、扬中和靖江5个科研实验基地。依托中心各学科组建了农业农村部淡水渔业与种质资源利用重点实验室、农业农村部稻渔综合种养生态重点实验室、农业农村部水产品质量安全环境因子风险评估实验室（无锡）、国家级CMA认证检验检测中心、水产养殖动物营养与健康重点实验室、农业农村部长江下游渔业资源监测站、农业农村部长江下游渔业生态环境监测中心、农业农村部新渔药临床中心指定单位、农业农村部饲料和饲料添加剂有效性试验机构、农业农村部长江流域鱼类遗传育种中心、农业农村部罗非鱼遗传育种中心、农业农村部青虾育种创新基地、农业农村部长江下游渔业资源环境科学观测实验站、农业农村部水产动物营养与饲料科学观测实验站、中国水产科学研究院稻渔综合种养工程技术研究中心和江苏省省级青虾良种场等部（省）、院级重点实验室、研发中心、野外台站等。
建所40年来，中心在淡水水产生物技术和遗传育种、渔业资源和环境、淡水增养殖、水产病害与饲料等领域先后承担和完成了1700余项国家和省部级的研究课题，获得科研奖励成果200余项，其中国家级奖励11项、省部级奖励80多项；培育了建鲤、奥尼罗非鱼、“夏奥1号”奥利亚罗非鱼、杂交青虾“太湖1号”、福瑞鲤、吉富罗非鱼“中威1号”、中华绒螯蟹“诺亚1号”、福瑞鲤2号、青虾“太湖2号”、滇池金线鲃“鲃优1号”、暗纹东方鲀“中洋1号”、建鲤2号、青虾“太湖3号”、红罗非鱼“中恒1号”、乌鳢“玉龙1号”、环棱螺“蠡湖1号”、长吻鮠“ 川江1号”17个国家级水产养殖新品种；发表学术论文3000多篇，出版专著130多部，获授权国家专利350多项。特别是“十五”以来，中心根据国家经济建设和科技创新的需求，不断完善学科布局和加强科技人才队伍建设，在水产养殖基础生物学和遗传育种、生物多样性保护与种质资源保存、渔业生态环境监测与保护、渔业资源调查评估与管理、渔业重大病害预警与控制、水产养殖容量和健康养殖、水产养殖对象营养学和渔业经济信息等领域开展了许多创新性的研究，取得了一系列重要成果，为我国渔业科学事业发展和渔业经济建设做出了突出贡献。
中心贯彻落实“长江大保护”精神和农业农村部拯救长江江豚行动计划，积极介入长江江豚保护研究领域，以安庆西江长江江豚迁地保护区为重要平台，加强长江江豚保护研究，为长江流域水生生物资源和生态环境保护提供技术支撑。
中心服务于国家外交事业和农业走出去战略，跟踪世界渔业科技发展前沿，积极开展多渠道、宽领域、全方位、多形式的科技交流与合作，开拓新兴科技领域，不断提高科技创新能力。
