研究所是国家成立最早的综合性海洋渔业研究机构。其前身为“农林部中央水产实验所”，1946年8月筹建、1947年1月正式成立于上海，1949年9月迁至青岛。依隶属关系变迁，先后被命名为“中央人民政府食品工业部水产实验所”“中央人民政府农业部水产实验所”“中华人民共和国水产部海洋水产研究所”“国家水产总局黄海水产研究所”等，1982年改为现称。
建所77年来，黄海水产研究所紧紧围绕“海洋生物资源开发与可持续利用研究”这一中心任务，在“渔业资源与生态环境”“种子工程与健康养殖”和“水产加工与质量安全”等领域取得了300多项国家和省部级成果，其中国家级奖励45项，为我国鱼、虾、蟹、贝、藻、参等海水增养殖业作出了开创性贡献；拉开了新中国渔业资源调查的序幕，为中国渔业生物学和渔场海洋学研究作出奠基性贡献；首次提出“种鱼与开发水上牧场”即“水产农牧化”的科学思想，开创了我国北方人工鱼礁的建设与发展工作；开拓了中国海洋生态系统动力学和大海洋生态系研究，为中国渔业科学与海洋科学多学科交叉和生态系统水平海洋管理基础研究进入世界先进行列作出了突出贡献。
近年来，黄海水产研究所面向世界海洋渔业科技前沿，面向国家实施创新驱动发展、建设海洋强国和实现乡村振兴的战略需求，取得了多项高水平的创新成果：率先提出了“碳汇渔业”新理念，发展了碳汇渔业理论、方法和技术体系，将海水养殖由传统产业提升为战略性新兴产业；在南极磷虾资源探查与评估技术、资源管理等方面进行了创新研究；完成首个比目鱼类全基因组测序和精细图谱绘制，为我国在水产基因组学技术领域领跑世界奠定基础；建立并已经产业化推广的多营养层次综合养殖模式（IMTA）引领了世界海水养殖业可持续发展的方向；提出了建立水产养殖容量管理制度是解决水产养殖发展与生态环境协同共进的重大举措，在世界上具首创意义；提出了国际视野下的我国海洋牧场建设与发展策略，对于推动我国海洋牧场绿色高质量发展具有重要指导意义；为我国第一个生物资源养护行动实施计划—《中国水生生物资源养护行动纲要》、国务院第一个海洋渔业文件—《关于促进海洋渔业持续健康发展的若干意见》和新中国成立以来第一个经国务院同意、专门指导水产养殖业绿色发展的纲领性文件—《关于加快推进水产养殖业绿色发展的若干意见》等国家文件的形成提供基础性支撑。
科研平台日臻完善。拥有海水养殖生物育种与可持续产出全国重点实验室、山东长岛近海渔业资源国家野外科学观测站、国家发改委海水养殖装备与生物育种技术国家地方联合工程研究中心（青岛）、科技部国家科技资源共享服务平台—国家海洋水产种质资源库，协同打造国家渔业战略科技力量。牵头农业农村部海洋渔业与可持续发展学科群，现有农业农村部海洋渔业与可持续发展重点实验室、农业农村部水产品质量安全检测与评价重点实验室、农业农村部极地渔业可持续利用重点实验室和农业农村部海水养殖病害防治重点实验室等4个部重点实验室；山东省渔业资源与生态环境重点实验室、山东省海洋渔业生物技术与遗传育种重点实验室、山东省科技领军人才创新工作室等6个省级科研创新平台；青岛市海水鱼类种子工程与生物技术重点实验室、青岛市海水养殖流行病学与生物安保重点实验室、青岛市对虾种业关键技术重点实验室等12个市级科研平台。
黄海水产研究所始终秉持“爱岗敬业、团结奉献、求真务实、开拓创新”的核心价值观和“创新、求实、团结、奋进”的所训，以建设国际一流的现代化创新型研究所为新时期奋斗目标，致力于推动现代渔业绿色高质量发展，努力为实现我国高水平渔业科技自立自强作出新的、更大的贡献。
